根据新华社早前报道，在中国领导人习近平的指示下，科技部及财政部召开多次会议，并会同中联办充分听取特区政府和科技界意见，支持爱国爱港的科研人员深入参与国家科技计划。有不少评论担心，“爱国爱港”难以界定，亦让研究资金获批与否变相有政治考虑。更有评论指，这是在美国对输出高科技出口限制下，中共利用香港转化为“白手套”的一个招数。

对于大陆拨款只拨给“爱国爱港”研究计划，香港创新及科技局局长杨伟雄19日试图冲淡其政治意义，变成所谓“爱国爱港”是内地惯用语，例如“同志们”，在香港很少用，但在内地很自然，他认为大家不用太介意。

不过多个评论却指出，习近平忽然大派金钱招揽香港科技研究人才，其实是居心叵测。著名评论员李怡在其专栏反问，香港突然获得大陆垂青真是为了关顾香港本地的科研吗？联系到近日美国限制高科技产品出口中国，中兴因为缺晶片陷入停产困境，中共急于利用香港这个“白手套”，来转嫁外国高科技，其目的已是昭昭明甚。

李怡又说，对香港会有什么后果？除非你当美国和西方国家是儍瓜，否则后果就如同美国把香港列入大幅提高钢、铝进口关税地区一样，会使美国和西方把香港也列入限制高科技出口及合作的地区。

曾在香港科技大学任教、信报前总编辑练乙铮接受网媒立场新闻访问时表示，是次计划由中央出钱，“是中共收编香港大专院校的软的一手，鸡髀（腿）打人牙骹（牙关）软，无险可守”。练乙铮指，这计划亦有机会压制言论自由，“特区政府可能的配合做法是社科方面的本地研究资助越来越少，迫使寻求这方面研究资助的香港学者向北方伸手要，而条件是接受北方对研究议题的政治筛选。你不接受就拿不到研究经费，没有经费做不出研究就丢职；它在大专界的政治目的就达到。”

港大前电机电子工程系副教授张星炜表示，中国大陆一直有研究资金让香港研究机构申请，但对比本地或外国学者，中国学者往往因知道渠道或熟悉国内情况而较易获批资金。同一时间，大专院校往往以教员申请研究资助的金额多寡决定续约及晋升等事宜，令内地学者往往较易获续约及升职。

张星炜担心，新计划或会令有关情况恶化。资金愈多，变相在研究资源、人手方面亦更多，所获资助的学者优势便会扩大。而当内地学者所获研究资金愈多，亦会令院校学术管理层，如学系主任、学院院长等职位由更多大陆学者担任。

张星炜认为研究应是政治中立，“研究应该是对人类有帮助，而不是讲爱不爱国的嘛！”